Sono complessivamente 24 gli indagati nell'indagine della procura di Catania sull'illecito smaltimento dei rifiuti accumulati durante le attività di salvataggio in mare da parte di Msf. Secondo l'accusa i soggetti coinvolti, a vario titolo, avrebbero "sistematicamente condiviso, pianificato ed eseguito un progetto di illegale smaltimento di un ingente quantitativo di rifiuti pericolosi a rischio infettivo, sanitari e non, derivanti dalle attività di soccorso dei migranti a bordo della Vos Prudence e dell'Aquarius e conferiti in modo indifferenziato, unitamente ai rifiuti solidi urbani, in occasione di scali tecnici e sbarco dei migranti" in 11 porti: Trapani, Pozzallo, Augusta, Catania e Messina in Sicilia, Vibo Valentia, Reggio Calabria e Corigliano Calabro in Calabria, Napoli e Salerno in Campania, Brindisi in Puglia. Tra i rifiuti scaricati la procura indica "gli indumenti contaminati indossati dagli extracomunitari", gli scarti alimentari e i rifiuti sanitari infettivi utilizzati a bordo per l'assistenza medica. L'inchiesta degli uomini del comando provinciale di Catania e dello Scico della Gdf e di quelli della squadra mobile di Catania e dello Sco della Polizia avrebbe inoltre accertato che i membri di Msf e i due agenti marittimi Francesco Gianino e Giovanni Ivan Romeo concordavano "sistematicamente" lo smaltimento illegale dei rifiuti - 37 volte per l'Aquarius e 7 per la Vos Prudence - "eludendo i rigidi trattamenti imposti dalla loro natura infettiva". Tra gli indagati, oltre a Gianino, Romeo e i centri operativi di Amsterdam e di Bruxelles di Msf, ci sono il comandante e il primo ufficiale dell'Aquarius, il russo Evgenii Talanin e l'ucraio Oleksandr Yurchenko. A questi si aggiungono 8 membri di Msf: il vice capo missione Italia di Msf Belgio Michele Trainiti, il vice coordinatore nazionale nazionale e addetta all'approvvigionamento della missione Italia di Msf Belgio Cristina Lomi, il liaison Officer di Mas Belgio Marco Ottaviano, i coordinatori del progetto Sar Aquarius di Msf Olanda, Aloys Vimard e Marcella Kraaij, il coordinatore logistico di Aquarius Joachim Tisch, il delegato alla logistica a bordo della nave Martinus Taminiau e il coordinatore del progetto a bordo della nave, l'inglese Nicholas Romaniuk.